Estas grutas, cuyo nombre proviene de los vocablos mayas "Lol": flor y "Tun": piedra, son de las más grandes conocidas dentro del sistema de cavernas distribuido en la parte sur de Yucatán. Se encuentran situadas a 7 km al suroeste de Oxcutzcab y a 24 km al noroeste del sitio arqueológico de Labná. Han sido acondicionadas para realizar con seguridad un recorrido de aproximadamente 1,000 m de longitud en su interior, por medio de senderos con iluminación.

Aquí se puede conocer la historia natural y cultural del Área Maya del Norte en un período que abarca más de 10,000 años, desde el Pleistoceno, hasta le Época Contemporánea. En una de sus cavidades, conocida como "Huechil" (del maya "huech": armadillo), se realizaron excavaciones donde en sus niveles más bajos se hallaron restos de fauna extinta: huesos de mamut, de bisonte, de un felino, etc., que indican un período de clima frío y de vegetación distinta a la actual, característica de un ambiente cálido y húmedo. Encima de éstos, había un nivel en el que aparecieron herramientas de piedra producidos por los primeros habitantes de la Panínsula.

En esta y otras partes de la gruta, se han encontrado restos materiales, cerámica, conchas marinas, artefactos de piedra, bajo relieves, petroglifos y pinturas correspondientes a la Cultura Maya en sus distintas etapas de desarrollo. Del período Preclásico (600 a.c. - 150 d.c.) destaca el bajo relieve conocido como "El guerrero de Loltún", ubicado en la entrada de Nahkab (colmena) que presenta rasgos heredados de los antiguos Olmecas. De los períodos Clásico (150 - 900 d.c.) y Postclásico (900 d.c. al siglo XVI) se pueden observar una serie de elementos culturales como pinturas rupestres con motivos de manos, rostros, animales, grecas e inscripciones; "haltunes" o recipientes artificiales tallados en la roca para recolectar el agua que escurre naturalmente; y una gran variedad de petroglifos entre los que resaltan los de motivos de flores, de los cuales toma su nombre el lugar. Del siglo XIX hay barricadas construidas por rebeldes mayas que se refugiaron en varias grutas de la región durante la llamada "Guerra de Castas".

Además, se pueden admirar muchas formaciones de travertino que por sus sugestivas y caprichosas formas la imaginación popular las ha bautizado con nombres peculiares como "Catedral", "La Galería del Gran Cañón", "La Mazorca de Maíz", "El Cuarto de las Estalactitas", etc. Destacan por ejemplo una serie de columnas "musicales" formadas por la unión de estalactitas y estalagmitas, que cuando se golpean producen sonidos con distintas tonalidades; o una galería con su bóveda desplomada, por cuya cavidad descienden las raíces de los árboles y los rayos del sol.

La Unidad de Servicios turísticos de Loltún brinda todas las facilidades para realizar una cómoda visita. Cuenta con estacionamiento, parques y jardines, restaurantes y sanitarios, así como con personal capacitado que guía al turismo nacional e internacional. Los horarios de visitas guiadas son: 9:30, 11:00, 12:30, 14:00, 15:00 y 16:00 horas de lunes a domingo.