Se cuenta que los cenotes tienen dueños, los cuales han prohibido a los indígenas mayas penetrar  en las grutas después del crepúsculo.  Los que se atreven a desobedecer, son duramente castigados.

Una pareja que no tenía hijos encontró en un cenote a una niña que se llamó Nicte-Há (Flor de agua).  La niña creció muy bella y un guerrero la quiso hacer suya.  La bella Nicte-Há cayó al agua, que tomó lo que era suyo.  Su cuerpo apareció flotando y de su boca brotaban flores blancas que dos palomas esparcían sobre el agua.  En noches de luna, Nicte-Há  canta en el cenote, mientras el guerrero maldito sigue corriendo en los bosques.

El gran sacerdote de Chichen Itzá, Ah Kinxoc, tenía una hermosa hija llamada Oyamal. Dos príncipes hermanos, Ac y Cay, se enamoraron de ella.  Cay fue el elegido pero en su ira, Ac encerró a Oyamal en el claustro de Chichen Itzá, y a Cay en las aguas de Kauá.  Cay recorrió el laberinto subterráneo hasta llegar al claustro, pero Ac sorprendió a la pareja que logró esconderse en la gruta donde todavía permanece y en las noches de Xac (enero), se oye una voz que dice ¡Yacumá! (te amo).

Un sacerdote maya cometió el sacrilegio de enamorarse de una princesa y ambos se escondieron en las grutas de Xtacumbil-Xunan.  Pero los espíritus, indignados, transformaron a la princesa en   una estatua de piedra (unas figuras de la cueva) y al sacerdote en uno de los siete lagos de la cueva llamado Putsu Ha que, al sonido de la voz humana, se retira y retorna cuando vuelve el silencio.  El agua es el alma en pena de un sacerdote que se asusta y huye al escuchar voces.

Muchos seres fantásticos, como los aluxes, viven o están relacionados con los cenotes.  Landa (Sacerdote Español) suponía que los cenotes se formaban al caer un rayo.  Creencias similares tenían los mayas, como trasluce en la creación del cenote de Xlacah de Dzibichaltún.  Un hombre viejo y cansado acudió a la casa de su hijo para pedirle un pedazo de pan.  El ingrato hijo, a pesar de disfrutas de muchas comodidades, negó la comida a su padre.  Dios tomó la apariencia del viejo y fue a  pedir ayuda al hijo, quien volvió a negarse.  Entonces, Dios, para castigar al ingrato, hizo caer un rayo sobre su casa, se hundió el suelo y se formó el cenote Xlacah.

En la actualidad, la relación existente entre los campesinos mayas y los cenotes, sigue siendo mágica ya que los cenotes, además de su uso práctico, siguen siendo lugares sagrados.  El agua de los mismos, considerada “virgen o pura” porque no ha sido corrupta por la luz, es utilizada por ejemplo, en las ceremonias que se utilizan para atraer la lluvia, el Chachaac.